เมื่อทรงตั้งหลักสูตรนักธรรมขึ้นแล้ว สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ก็ทรงพระนิพนธ์หนังสือต่างๆ สำหรับใช้เป็นแบบเรียนของนักธรรมชั้นนั้นๆด้วย หนังสือบางเรื่องที่ยังทรงพระนิพนธ์ไม่เสร็จ ก็ทรงใช้หนังสืออื่นๆที่ใกล้เคียงกันเป็นตำราหรือแบบเรียนไปพลาง แม้นักธรรมชั้นเอกที่ตั้งขึ้นหลังจากพระองค์ชิ้นพระชนม์แล้ว พระองค์ก็ได้ทรงพระนิพนธ์ตำราสำหรับใช้เป็นหลักสูตรเตรียมไว้เกือบครบทุกวิชา

         หลักสูตรนักธรรมทุกชั้น ซึ่งได้ปรับปรุงมาโดยลำดับนั้นมาถึง พ.ศ. ๒๔๖๙ จึงเป็นอันยุติได้ ดังนี้

        

หลักสูตรนักธรรมชั้นตรี

       

หลักสูตรนักธรรมชั้นโท

        

หลักสูตรนักธรรมชั้นเอก

         ถึง พ.ศ. ๒๔๗๕ มีการปรับปรุงในส่วนของวิชาเรียงความแก้กระทู้ธรรมอีกครั้งหนึ่ง คือสำหรับนักธรรมชั้นโท กำหนดหัวข้อธรรมที่ต่างกัน ๒ ข้อ ให้นักเรียนแต่งเป็นทำนองเทศน์เชื่อมความ ๒ ข้อนั้นให้ต่อเนื่องกันสนิท และให้ชักภาษิตในที่อื่นมาอ้าง ๒ แห่ง อย่าให้ซ้ำกัน

         สำหรับนักธรรมชั้นเอก กำหนดหัวข้อธรรมต่างกัน ๓ ข้อ ให้นักเรียนแต่งเป็นทำนองเทศน์ เชื่อมความ ๓ ข้อนั้น ให้ต่อเนื่องกันสนิท และชักภาษิตในที่อื่นมาอ้าง ๓ แห่ง อย่าให้ซ้ำกัน

         และในศกเดียวกันนี้ ได้เพิ่มเติมหลักสูตรนักธรรมชั้นเอก คือให้สอบพระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. ๑๒๑ อีกส่วนหนึ่ง และถือว่าเป็นวิชาสำคัญ ถ้าสอบวิชานี้ตกวิชาอื่นในชั้นเป็นอันตกไปด้วยกัน

         หลักสูตรนักธรรมชั้นโทและชั้นเอกที่ปรับปรุงใหม่ดังกล่าวนี้ เริ่มใช้แต่ พ.ศ. ๒๔๗๕ เป็นต้นไป (ประวัติการศึกษาพระพุทธศาสนาในประเทศไทย. หน้า ๑๕๙๑๖๐.)

         การศึกษานักธรรมในครั้งนั้น เป็นที่นิยมและเป็นที่ยกย่องทั้งในวงการคณะสงฆ์และในทางราชการ ผู้ที่สอบได้ประโยคนักธรรม เมื่อลาสิกขาออกไป ก็สามารถรับราชการเป็นครูสอนตามโรงเรียนต่างๆ เมื่อมีการสอบเลื่อนวิทยฐานะครู ผู้สอบได้ประโยคนักธรรมก็ได้รับสิทธิพิเศษ โดยได้รับการยกเว้นโดยไม่ต้องสอบ ๑ ชุดวิชา เพราะประโยคนักธรรมชั้นตรีจัดเป็นชุดวิชาหนึ่งสำหรับการเลื่อนวิทยฐานะ

         ต่อมาคณะสงฆ์ในสมัยสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงชินวรสิริวัฒน์ พิจารณาเห็นว่า การศึกษานักธรรมก็เป็นประโยชน์แม้แก่ผู้ที่มิใช่ภิกษุสามเณร โดยเฉพาะในหมู่ข้าราชการครู ดังนั้น คณะสงฆ์จึงอนุญาตให้ครูทั้งหญิงและชายเข้าสอบประดยคนักธรรมชั้นตรีในสนามหลวงได้ โดยได้ตั้งหลักสูตรประโยคนักธรรมสำหรับฆราวาส เรียกว่า "ธรรมศึกษาตรี" ซึ่งประกอบด้วยวิชาที่ต้องสอบเช่นเดียวกันกับหลักสูตรนักธรรมชั้นตรีสำหรับภิกษุสามเณร ยกเว้นวิชาวินัยบัญญัติ ใช้เบญจศีล เบญจธรรม และอุโบสถศีลแทน

         ธรรมศึกษาตรี เปิดสอบครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๒ ปรากฏว่ามีฆราวาสทั้งชายและหญิงสมัครสอบกันเป็นจำนวนมาก (เล่มเดียวกัน, หน้า ๑๕๘.)

         การศึกษานักธรรม อันเป็นการศึกษาพระพุทธศาสนา หรือธรรมวินัยในภาษาไทย ซึ่งสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทรงพระดำริตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๕ นั้น ได้พัฒนามาโดยลำดับ ทั้งในด้สนหลักสูตร การเรียนและการสอน เพื่อให้ภิกษุสามเณรมีความรู้ในธรรมวินัย ตลอดถึงความเป็นมาของพระพุทธศาสนาอย่างทั่วถึง พอแก่การที่จะเป็นศาสนทายาทที่มีคุณภาพ สามารถดำรงพระศาสนาไว้ได้ด้วยดี การศึกษานักธรรมได้เป็นที่นิยมนับถือของคณะสงฆ์และได้รับการจัดให้เป็นการศึกษาขั้นพื้นฐานของภิกษุสามเณรในประเทศไทยควบคู่ไปกับการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกบาลีนับแต่เริ่มต้นมาจนบัดนี้ การศึกษานักธรรมที่สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯได้ทรงตั้งขึ้นนี้ จึงนับว่ามีคุณประโยชน์ต่อการพระศาสนาในประเทศไทยเป็นอย่างมาก

         นอกจากนี้ การศึกษานักธรรมยังได้แผ่ประโยชน์ไปยังพุทธบริษัทฝ่ายฆราวาสด้วย ดังที่ฆราวาสจำนวนมากก็สนใจศึกษาและสอบธรรมศึกษากันเป็นจำนวนมากตลอดมาดังที่กล่าวแล้ว การที่พุทธบริษัทฝ่ายฆราวาสได้มีโอกาสเรียนรู้ธรรมวินัย นับว่ามีประโยชน์ต่อการที่จะช่วยส่งเสริมและดำรงรักษาพระศาสนาให้เจริญมั่นคงได้ทางหนึ่ง

         หลักสูตรพุทธานุพุทธประวัติ ใช้หนังสือพุทธประวัติ เล่ม ๑, เล่ม ๓ หนังสือปฐมสมโพธิ หนังสือพุทธานุพุทธประวัติ หนังสืออนุพุทธประวัติ และหนังสือสังคีติกถา

         จากพระดำริที่จะส่งเสริมการศึกษาธรรมวินัยให้แพร่หลายไปสู่ภิกษุสามเณรอย่างทั่งถึงทุกระดับชั้นดังกล่าวแล้ว พ.ศ. ๒๔๕๖ สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ จึงทรงปรับปรุงหลักสูตรองค์นักธรรมอีกครั้งหนึ่ง โดยรวมองค์นักธรรมประโยค ๑ และประโยค ๒ เข้าด้วยกันเป็น นักธรรมชั้นตรี และกำหนดหลักสูตรสอบความรู้ภิกษุสามเณรเป็น ๔ อย่างคือ

                   - เรียงความแก้กระทู้ธรรม
                   - ธรรมวิภาค
                   - ตำนาน (พุทธประวัติ)
                   - วินัยบัญญัติ          สำหรับสามเณร เว้นวินัยบัญญัติไว้ก่อนจนกว่าอุปสมบทแล้วจึงสอบวินัยบัญญัติ และการสอบไม่มีการพักเป็นประโยค ๑ ประโยค ๒ ดังแต่ก่อน สอบพร้อมกันทั้ง ๒ ประโยค ได้ตกพร้อมกันทั้ง ๒ ประโยค (แถลงการณ์คณะสงฆ์เล่ม ๑, หน้า ๕๒๙.)

         และในศกเดียวกันนี้ ทรงจัดหลักสูตรเปรียญบาลี ๓ ประโยคเข้ากับองค์นักธรรมประโยค ๒ เป็นเปรียญธรรมชั้นตรี ทั้งนี้โดยทรงมีพระปรารภว่า การสอบความรู้บาลีเป็นเปรียญ ๓ ประโยค ให้แปลธัมมปทัฏฐกถาเป็นความไทยอย่างเดียวกันทั้ง ๓ ประโยคไม่ค่อยจะได้เปรียญมีความรู้ดี เพราะผู้เข้าสอบโดยมากด้วยกันจะไม่รู้จักสัมพันธ์และไม่แตกฉานในทางไวยากรณ์ เมื่อเป็นเช่นนี้ การเรียนบาลีจึงตกต่ำ (เล่มเดียวกัน, หน้า๕๓๑.)

         จากพระปรารภดังกล่าวแล้ว จึงทรงขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตแก้ไขหลักสูตรเปรียญบาลี ๓ ประโยค ให้คงแปลธัมมปทัฏฐกถา เพียงประโยคเดียวอีก ๒ ประโยคนั้น เปลี่ยนเป็นสอบความรู้สัมพันธ์ เพื่อให้ความรู้จักชักศัพท์เชื่อมถึงกัน ประโยค ๑ สอบความรู้บาลีไวยากรณ์ ส่วนวจีวิภาคเพื่อเข้าใจยกศัพท์ ประโยค ๑ วิธีสอบสัมพันธ์ จักวางแบบให้ไว้ ส่วนวิธีการสอบไวยากรณ์เคยกันมาแล้วฯ ทั้ง ๓ นี้ รวมเป็นหลักสูตรบาลี เป็นองค์อันหนึ่งของเปรียญธรรมชั้นตรีฯ (เล่มเดียวกัน, หน้าเดียวกัน) และ

         ภิกษุสามเณรที่จะสอบบาลีเป็นเปรียญ ๓ ประโยค ต้องสอบได้องค์นักธรรมประโยค ๒ สามัญมาก่อนแล้ว เมื่อสอบบาลีได้อีกองค์หนึ่ง จักเป็นเปรียญชั้นตรี ได้แก่ นวกภูมิ หรือเรียกนับประโยคว่า เปรียญธรรม ๓ ประโยค ก็ได้ฯ

         เปรียญธรรมชั้นตรี หรือเปรียญธรรม ๓ ประโยคนี้เรียกย่อว่า ป.ธ. ๓ หลักสูตรนักธรรมชั้นตรีและเปรียญธรรมชั้นตรี ที่ทรงปรับปรุงใหม่นี้ เริ่มสอบตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๔๕๗ เป็นต้นมา

         หลักสูตรนักธรรม ที่สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ทรงจัดขึ้นนั้น ได้รับความนิยมจากภิกษุสามเณรอย่างรวดเร็วและแพร่หลายไปอย่างกว้างขวาง เพียง ๒ ปีแรกที่จัดสอบ ก็มีภิกษุสามเณรสมัครเข้าสอบในสนามหลวงเกือบพันรูป ในปีต่อๆมา จึงโปรดให้มีการจัดสอบขึ้นในสนามมณฑลต่างๆด้วย เพื่อบรรเทาความแออัดในการสอบ ภิกษุสามเณรที่สอบได้ในสนามวัดหรือสนามมณฑลมีความรู้เข้าเกณฑ์ของสนามหลวง สนามหลวงก็รับโอนเป็นนักธรรมของสนามหลวง ต่อมาทรงกำหนดให้มีการสอบสนามวัดก่อนที่จะส่งเข้าสอบสนามหลวงต่อเมื่อสอบผ่านสนามวัดนั้นๆ ได้แล้ว จึงทรงอนุญาติให้ส่งเข้าสอบในสนามหลวง ทั้งนี้เพื่อกันไม่ให้ผู้มีความรู้ไม่ถึงขั้นเข้าสอบในสนามหลวง อันเป็นการเพิ่มภาระให้แก่สนามหลวงโดยไม่จำเป็น

         การสอบองค์นักธรรมและนักธรรมตรีในระยะแรกนั้นสามเณรต้องมีอายุ ๑๙ ปีขึ้นไป จึงอนุญาติให้เข้าสอบได้

         สำหรับการสอบนักธรรมชั้นตรี สอบโดยวิธีเขียน (ขณะนั้นการสอบพระปริยัติธรรม หรือสอบบาลีสนามหลวงยังใช้วิธีแปลปากอยู่) ข้อสอบแต่ละวิชามี ๒๑ ข้อ ถึง พ.ศ. ๒๔๕๗ จึงลดลงมาเป็น ๑๔ ข้อ (ประวัติการศึกษาพระพุทธศาสนาในประเทศไทย. คณาจารย์มหามกุฏราชวิทยาลัย (เอกสารโรเนียวเย็บเล่ม), หน้า ๑๓๙.) ส่วนกำหนดเวลาสอบในระยะแรกยังไม่มีการกำหนดเวลาเป็นชั่วโมง แต่กำหนดว่า ถ้ายังมีผู้นั่งสอบอยู่ด้วยกัน ๖ รูป ยังไม่หมดเวลา ต่อมาแก้ไขเป็น ถ้ายังมีผู้สอบเหลืออยู่ด้วยกัน ๓ รูป ถือว่ายังไม่หมดเวลา (แต่ไม่พบหลักฐานว่าแก้ไขเมื่อปีใด) (แถลงการณ์คณะสงฆ์ เล่ม ๒ พ.ศ. ๒๔๕๗ หน้า ๕๒๘.) ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๕๗ เป็นต้นมา จึงมีการกำหนดเวลาสอบเป็นชั่วโมง คือ ๓ ชั่วโมงครึ่ง (ประวัติการศึกษาพระพุทธศาสนาในประเทศไทย. หน้า ๑๓๙.)

         พ.ศ.๒๔๖๔ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส สิ้นพระชนม์ นักธรรมชั้นเอกที่ทรงพระดำริไว้ จึงยังไม่ได้จัดตั้งขึ้นตามพระประสงค์ในยุคของพระองค์ การศึกษานักธรรมจึงจัดได้เพียง ๒ ชั้น คือ นักธรรมชั้นตรี กับนักธรรมชั้นโท

         แต่ในปีที่สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ สิ้นพระชมม์นั้นเอง สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ สิ้นพระชนม์นั้นเอง สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงชินวรสิริวัฒน์ ผู้ทรงดำรงตำแหน่งสกลมหาสังฆปริณายกสืบมา ก็ได้ทรงจัดตั้งนักธรรมชั้นเอกขึ้น ตามพระดำริของสมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ พระองค์นั้น นักธรรมชั้นเอกภูมิเถระ สำหรับภิกษุผู้ใหญ่พ้นพรรษา ๑๐ แล้ว หลักสูตรนักธรรมชั้นเอก มีดังนี้

         ๑.เรียงความแก้กระทู้ธรรม จะให้หัวข้อธรรม ๓ ข้อ ที่ต่างกัน ต้องแต่งทำนองเทศนา เชื่อมความ ๓ ข้อนั้น ให้สนิท

         ๒.แก้ปัญหาธรรม โดยปรมรรถเทศนา

         ๓.แก้ปัญหาพุทธานุพุทธประวัติ กับข้อธรรมในท้องเรื่องนั้น

         ๔.แก้ปัญหาวินัยบัญญัติมีสังฆกรรมเป็นต้น

         หนังสือสำหรับใช้เป็นหลักสูตรนักธรรมชั้นเอกนั้น สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ได้ทรงพระนิพนธ์เตรียมไว้แล้วเกือบจะครบถ้วน ดังนี้

         - หนังสือพุทธศาสนสุภาษิต และหนังสือธรรมอย่างอื่นมีมงคลวิเสสกถาเป็นต้น เป็นหลักสูตรสำหรับเรียงความแก้กระทู้ธรรม

         - หนังสือธรรมวิจารณ์ พระนิพนธ์สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ เป็นหลักสูตรสำหรับแก้ปัญหาธรรมวิภาค

         - หนังสือพุทธสมัยเล่มที่ ๒ ปริเฉทที่ ๔,๕,๖ ในธรรมสมบัติหมวด ๓ (รวมพระสูตรแปล) เป็นหลักสูตรสำหรับแก้ปัญหาพุทธานุพุทธประวัติ

         เปรียญธรรมชั้นโท จะสอบบาลีประโยค ๗ ต้องสอบได้นักธรรมชั้นเอกก่อน เมื่อสอบบาลีประโยค ๗,๘,๙ ได้แล้วนับเป็นเปรียญธรรมชั้นเอก