หลังจากโรงเรียนพระปริยัติธรรมได้มีการเรียนการสอนทั้งแผนกธรรมและแผนกบาลี ตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๕๒๘ ซึ่งมีผลปรากฏเป็นที่ประจักษ์แก่สังฆมณฑลเป็นเวลาพอสมควรแล้ว ในปี ๒๕๔๒ วัดพระธรรมกายได้รับคำแนะนำอันสูงค่ายิ่งจากพระเดชพระคุณพระพรหมโมลี (วิลาส ญาณวโร) เจ้าคณะภาค ๑ ในขณะนั้น ให้มีการเรียนการสอนพระอภิธรรม เพื่อให้เข้าใจในสภาวธรรมที่ละเอียดอ่อนลึกซึ้ง และเป็นการเพิ่มเติมศักยภาพในด้านคันถธุระให้ครอบคลุมทั้ง ๓ ปิฎก

ทางคณะสงฆ์วัดพระธรรมกายโดยมีพระไชยบูลย์ ธมฺมชโยเป็นประธาน ได้น้อมรับดำเนินการเปิดการเรียนการสอน และส่งสอบมาจนถึงปัจจุบัน ซึ่งมี ๒ หลักสูตรดังนี้

หลักสูตรการเรียนการสอน

1. หลักสูตรอภิธรรมบัณฑิต ของพระสัทธัมมโชติกะ มีทั้งหมด ๙ ชั้น ใช้เวลาศึกษา ๗ ปีครึ่ง และหลักสูตรธรรมาจริยะ อีก ๖ ชั้น มีการสอบเฉพาะในสำนักเรียนวัดระฆังฯ โดยสอบควบคู่กันไป
2. หลักสูตรอภิธรรมศึกษาทางไกล ๔ ปี เป็นหลักสูตรที่ทางวัดจัดขึ้นใหม่โดยอาศัยเค้าโครงเนื้อหาจากคัมภีร์อภิธัมมัตถสังคหะ พระไตรปิฎก อรรถกถา และของอาจารย์อื่นๆ ที่อธิบายไว้ ผนวกเข้ากับภาคปฏิบัติ เพื่อให้ผู้เรียนศึกษาปริยัติ และสามารถปฏิบัติควบคู่กันไป เหมาะสำหรับสาธุชนทั่วไป

บทบาทหน้าที่แผนกอภิธรรม

• วางแผน จัดระบบ และพัฒนาการศึกษาพระอภิธรรม
• ให้บริการ และสนับสนุนการศึกษาพระอภิธรรมให้มีผู้เรียน และสอบพระอภิธรรมให้ได้มากที่สุด